دورة DEA لأخصائيي المعلوماتية الحيوية

وظيفتها

يُعدّ التطبيق مفيدًا للعثور على الجين الأكثر تمثيلاً لعيّنة معيّنة. تحليل التعبير التفاضلي هو طريقة لفك ترميز التفاعل بين الجينات وبيئتها.

تم إنشاء التطبيق باستخدام بنية مستنِدة إلى الخدمات. يستخدم "الجانب الأمامي" حزمة Flutter SDK، التي تم ترميزها بلغة Dart، تطلب الواجهة الرسومية ملف CSV الذي تتوفّر فيه العيّنات التي تريد العثور على الجين الأكثر تمثيلاً لها في "مجموعة البيانات" هذه.

يتم ترميز "الجانب الخلفي" بلغة Python باستخدام مكتبات FastAPI وخادم الويب Uvicorn. يكمن سحر Gemini في الخلفية، باستخدام إطار عمل "Langchain". في المرحلة الأولى، يتم العثور على الجينات الأكثر تمثيلاً لـ "المقاطع" المختلفة. بعد توفّر قائمة الجينات الأكثر تمثيلاً لـ "المقاطع" المختلفة، يُطلب من Gemini العثور على الجين الأكثر تمثيلاً، مع تقديم وصف للعملية التي تم تنفيذها وشرح للجين الذي تم العثور عليه.