DEA für Bioinformatiker

Funktion

Die App ist nützlich, um das repräsentativste Gen für eine Probe zu finden. Die Analyse der differenziellen Expression ist eine Methode, um die Interaktion zwischen Genen und ihrer Umgebung zu entschlüsseln.

Die Anwendung wird auf Grundlage einer dienstbasierten Architektur erstellt. Die „Front“ verwendet das Flutter SDK, das in „Dart“ codiert ist. Die grafische Benutzeroberfläche fordert die CSV-Datei an, in der sich die Samples befinden, und Sie möchten das repräsentativste Gen in diesem „Dataset“ finden.

Das „Backend“ ist in Python mit „FastAPI“-Bibliotheken und dem „Uvicorn“-Webserver codiert. Das Geheimnis von Gemini liegt im Hintergrund, wo das „Langchain“-Framework verwendet wird. In einer ersten Phase werden die repräsentativsten Gene der verschiedenen „Chunks“ gefunden. Sobald die Liste der repräsentativsten Gene der verschiedenen „Chunks“ verfügbar ist, wird Gemini aufgefordert, das repräsentativste Gen zu finden. Dabei wird eine Beschreibung des durchgeführten Prozesses und eine Erklärung des gefundenen Gens angegeben.